Tata cara mengenai penetapan PKP kriteria risiko rendah ini lebih lanjut diatur dalam Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor PER-31/PJ/2010 tanggal 5 Juli 2010 tentang Tata Cara Penetapan Pengusaha Kena Pajak Risiko Rendah, yang disampaikan melalui Surat Edaran Direktur Jenderal Pajak Nomor SE-76/PJ/2010 tanggal 5 Juli 2010.
Ketentuan ini mengatur antara lain:
Untuk mendapatkan fasilitas pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak, terlebih dahulu PKP harus mengajukan permohonan kepada Kepala KPP tempat dia terdaftar dan dikukuhkan sebagai PKP untuk ditetapkan sebagai PKP berisiko rendah dengan melampirkan:
- keterangan dari instansi yang berwenang, yang dapat berupa Laporan Bulanan Kepemilikan Saham Emiten atau Perusahaan Publik dan Rekapitulasi, bagi perusahaan terbuka yang paling sedikit 40% (empat puluh persen) dari keseluruhan saham disetornya diperdagangkan di bursa efek di Indonesia;
- keterangan dari instansi yang berwenang, yang dapat berupa Akta Pendirian dan perubahannya, bagi perusahaan yang saham mayoritasnya dimiliki secara langsung oleh Pemerintah Pusat dan/atau Pemerintah Daerah; atau
- Surat Pernyataan bahwa nilai Barang Kena Pajak yang dijual pada tahun sebelumnya paling sedikit 75% (tujuh puluh lima persen) adalah produksi sendiri dan Laporan Keuangan untuk 2 (dua) tahun pajak sebelumnya yang diaudit oleh Akuntan Publik dengan pendapat Wajar Tanpa Pengecualian atau Wajar Dengan Pengecualian, bagi produsen selain Perusahaan Terbuka dan BUMN/BUMD.
Kepala KPP menerbitkan keputusan penetapan sebagai Pengusaha Kena Pajak berisiko rendah atau surat pemberitahuan bahwa permohonan tidak dapat diproses paling lambat 15 (lima belas) hari kerja setelah tanggal diterimanya permohonan Wajib Pajak.
Keputusan penetapan sebagai Pengusaha Kena Pajak berisiko rendah ini berlaku untuk 24 (dua puluh empat) Masa Pajak sejak Masa Pajak Pengusaha Kena Pajak ditetapkan sebagai Pengusaha Kena Pajak berisiko rendah.
Surat Keputusan Penetapan Pengusaha Kena Pajak berisiko rendah ini dinyatakan tidak berlaku lagi apabila dalam masa berlakunya jangka waktu sebagai Pengusaha Kena Pajak berisiko rendah ini, terhadap Pengusaha Kena Pajak dilakukan:
- pemeriksaan bukti permulaan atau penyidikan; atau
- pemeriksaan dan ternyata dari hasil pemeriksaan diketahui bahwa Pengusaha Kena Pajak tidak lagi memenuhi kriteria sebagai Pengusaha Kena Pajak berisiko rendah.
Ketentuan ini berlaku pada tanggal ditetapkannya yaitu tanggal 5 Juli 2010.