Pemeriksaan Bukti Permulaan yang dilakukan selama ini umumnya dilakukan dengan menyampaikan Surat Perintah Pemeriksaan Bukti Permulaan kepada Wajib Pajak yang menjadi sasaran pemeriksaan Bukti Permulaan. Namun dalam ketentuan baru mengenai tata cara pemeriksaan Bukti Permulaan, pemeriksaan dapat juga dilakukan secara tertutup melalui kegiatan intelijen.
Ketentuan mengenai tata cara pemeriksaan bukti permulaan yang baru dan akan mulai berlaku tanggal 1 Februari 2013 diatur dalam Peraturan Menteri Keuangan Nomor 18/PMK.03/2013 tanggal 7 Januari 2013 tentang Tata Cara Pemeriksaan Bukti Permulaan Tindak Pidana di Bidang Perpajakan.
Dalam ketentuan tata cara sebagaimana diatur dalam Peraturan Menteri Keuangan Nomor 18/PMK.03/2013, pelaksanaan Pemeriksaan bukti permulaan dapat dilakukan melalui dua cara, yaitu dilakukan:
-secara terbuka; atau
-secara tertutup
Pemeriksaan Bukti Permulaan secara terbuka dilakukan dengan pemberitahuan secara tertulis kepada Wajib Pajak. Sedangkan Pemeriksaan Bukti Permulaan secara tertutup dilakukan tanpa pemberitahuan kepada Wajib Pajak.
Pemeriksaan Bukti Permulaan harus dilakukan secara terbuka dalam hal Pemeriksaan Bukti Permulaan tersebut terkait dengan:
-permohonan pengembalian kelebihan pembayaran pajak sebagaimana dimaksud dalam Pasal 17B Undang-Undang KUP; atau
-tindak lanjut dari Pemeriksaan untuk menguji kepatuhan pemenuhan kewajiban perpajakan yang terdapat indikasi tindak pidana di bidang perpajakan.


