Namun sayangnya, kemudahan yang dirasakan oleh Wajib Pajak ini terusik lantaran dalam seminggu terakhir ini ketika sebagian Wajib Pajak yang akan menyetorkan pajaknya melalui ATM (terutama ATM BCA), ternyata sistem layanan ini tidak dapat digunakan. Akibat adanya gangguan ini, penulis menerima banyak pertanyaan dari para Wajib Pajak mengenai gangguan layanan ini. Penulis memperoleh informasi dari sebagian Wajib Pajak yang melakukan transaksi pembayaran pajak ini melalui ATM BCA di sejumlah tempat seperti di Jakarta Selatan, Jakarta Timur, Depok, Bogor, Cileungsi.
Penasaran dengan hal ini, penulis pun mencoba sendiri untuk melakukan penyetoran PPh Final 1% ini melalui salah satu ATM BCA di daerah Depok. Ternyata memang benar setoran tersebut mengalami kendala dan pada tahap terakhir dari transaksi di ATM tersebut (yaitu validasi pembayaran untuk dicetakkan struk tanda penyetoran PPh final telah dilakukan) tidak dapat dilakukan. Pada layar ATM tertera pesan: "Maaf, transaksi Anda tidak dapat diproses"
Dugaan penulis, kendala ini terjadi adalah karena koneksi ke server sistem MPN (Modul Penerimaan Negara) yang mengalami gangguan atau server down. Dugaan ini diperkuat karena penulis sudah mencoba menghubungi Halo BCA dan dijawab bahwa dalam sistem di BCA tidak mengalami kendala dan kemungkinan kendala ada di sistem MPN.
Akibat bahwa batas waktu penyetoran PPh Final 1% untuk masa Januari 2016 adalah hingga hari Senin,15 Februari 2016, maka untuk membantu para Wajib Pajak yang akan menyetorkan pajaknya, penulis menyarankan agar mereka mencoba untuk menyetorkan pajaknya ini melalui teller bank atau kantor pos.
Karena sejak 1 Januari 2016, Direktorat Jenderal Pajak telah mengumumkan bahwa penyetoran pajak melalui bank persepsi atau kantor pos sudah diwajibkan dengan menggunakan sistem e-billing, maka hampir semua bank sudah tidak bersedia menerima pembayaran pajak yang masih dilakukan secara manual menggunakan Surat Setoran Pajak (SSP). Untuk itu, maka penulis menyarankan agar Wajib Pajak yang akan menyetor PPh Final 1% itu untuk terlebih dahulu mendaftarkan di situs https://sse.pajak.go.id (server e-Billing versi 1). Namun muncul lagi satu kendala, akibat mulai 16 Februari 2016 dimana Direktorat Jenderal Pajak akan memindahkan (migrasi) server e-Billing ini ke versi 2 di https://sse2.pajak.go.id, maka ketika mendaftarkan diri di server e-Billing versi 1 selalu error dan tidak dapat melanjutkan pendaftaran. Sedangkan apabila mendaftar di server e-Billing versi 2, maka dibutuhkan kode EFIN yang harus diperoleh dari Kantor
Pelayanan Pajak tempat Wajib Pajak terdaftar (harus meminta secara langsung ke KPP).
Sangat disayangkan mengapa selama ini Direktorat Jenderal Pajak tidak mensosialisasikan secara penuh mengenai perubahan sistem ini. Bahkan mungkin belum dipikirkan kendala yang terjadi di lapangan ketika para Wajib Pajak yang telah memiliki ketaatan penuh untuk melakukan penyetoran pajak ternyata dihadapkan dengan kendala teknis yang menyebabkan tidak dapat membayar pajak. Walaupun sebenarnya kendala ini tidak seharusnya terjadi saat ini karena proses migrasi ke server kedua baru dilakukan tanggal 16 Februari 2016. Bahkan akibat rencana migrasi ini, kemungkinan server MPN yang terhubungan dengan sistem pembayaran di ATM juga sudah mengalami gangguan.
Harapan penulis, semoga pihak berwenang di Direktorat Jenderal Pajak segera mengatasi kendala dan gangguan yang terjadi saat ini, supaya proses penyetoran pajak tidak akan terganggu atau bahkan terhenti, mengingat saat ini penerimaan pajak yang diperoleh dari para Wajib Pajak menjadi tulang punggung bagi pembiayaan APBN.