Tata Cara Pengajuan dan Penyelesaian Keberatan

Wajib Pajak yang tidak setuju dengan Surat Ketetapan Pajak yang diterbitkan oleh Direktur Jenderal Pajak dapat mengajukan keberatan kepada Direktur Jenderal Pajak. Ketentuan ini diatur dalam Pasal 25 Undang-Undang KUP. Atas keberatan yang diajukan ini pihak Direktorat Jenderal Pajak harus memprosesnya berdasarkan ketentuan dalam Pasal 26 Undang-Undang KUP. Ketentuan dan Tata Cara mengenai proses keberatan ini diatur dalam Peraturan Menteri Keuangan Nomor 194/PMK.03/2007.
Sebagai petunjuk pelaksanaan dari Peraturan Menteri Keuangan Nomor 194/PMK.03/2007 ini, Direktur Jenderal Pajak menerbitkan Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor PER-49/PJ./2009 tanggal 7 September 2009 dengan pengantar melalui Surat Edaran Direktur Jenderal Pajak Nomor SE-87/PJ/2009 tanggal 7 September 2009.

Dalam PER-49/PJ./2009 ini mengatur hal-hal antara lain:
Wajib Pajak dapat mengajukan keberatan hanya kepada Direktur Jenderal Pajak atas suatu:
-SKPKB, kecuali SKPKB yang diterbitkan berdasarkan Pasal 13A UU KUP (SKPKB yang diterbitkan akibat WP yang alpa tidak menyampaikan SPT atau menyampaikan SPT yang isinya tidak benar/lengkap dan menimbulkan kerugian negara yang dilakukan pertama kalinya).
-SKPKBT
-SKPN
-SKPLB
-pemotongan atau pemungutan pajak oleh pihak ketiga berdasarkan ketentuan perundang-undangan perpajakan.

Syarat pengajuan keberatan adalah:
-diajukan secara tertulis dalam bahasa Indonesia;
-mengemukakan jumlah pajak yang terutang atau jumlah pajak yang dipotong atau dipungut atau jumlah rugi menurut penghitungan WP dengan disertai alasan-alasan yang menjadi daasr penghitungan;
-1 (satu) surat keberatan diajukan hanya untuk 1 (satu) surat ketetapan pajak, untuk 1 (satu) pemotongan pajak, atau untuk 1 (satu) pemungutan pajak;
-melunasi pajak yang masih harus dibayar paling sedikit sejumlah yang telah disetujui WP dalam pembahasan akhir hasil pemeriksaan;
-diajukan dalam jangka waktu 3 (tiga) bulan sejak tanggal dikirim surat ketetapan pajak atau sejak tanggal pemotongan atau pemungutan pajak oleh pihak ketiga, kecuali WP dapat menunjukkan bahwa jangka waktu tersebut tidak dapat dipenuhi karena keadaan di luar kekuasaan WP (force majeur); dan
-ditandatangan oleh Wajib Pajak, dan dalam hal surat Keberatan ditandatangani oleh bukan WP, surat keberatan tersebut harus dilampiri dengan Surat Kuasa Khusus sesuai Pasal 32 UU KUP.